Управление лицеем осуществляется в соответствии с Федеральным законом № 273 -ФЗ от 29.12.2012 "Об образовании в Российской Федерации", нормативно-правовых актов Федерального регионального и муниципального уровней,  на принципах демократии, гуманизма, общедоступности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, гражданственности, свободного развития личности, автономности и светского характера образования.

Управление лицеем осуществляется на основе сочетания принципов самоуправления коллектива и единоначалия. В основу положена четырехуровневая структура управления:

• Первый уровень структуры – уровень стратегического управления. Директор лицея определяет совместно с органами самоуправления стратегию развития лицея, представляет его интересы в государственных и общественных инстанциях. Общее собрание трудового коллектива утверждает план развития лицея. Директор лицея несет персональную юридическую ответственность за организацию жизнедеятельности лицея, создает благоприятные условия для его развития.

• Второй уровень структуры управления– это уровень тактического управления – уровень заместителей директора. Этот уровень представлен также методическим советом - коллегиальным совещательным органом, в состав которого входят руководители лицейских МО.

• Третий уровень организационной структуры управления – это уровень оперативного управления, уровень учителей, функциональных служб, структурных подразделений школы. Методические объединения – структурные подразделения методической службы школы, объединяют учителей работающих над  единой методической темы.

• Четвертый уровень организационной структуры – это уровень оперативного соуправления - уровень обучающихся. Иерархические связи по отношению к субъектам пятого уровня предполагают курирование, помощь, педагогическое руководство.